Công tác xử lý môi trường trong chăn nuôi là một trong những yếu tố quyết định đến năng suất, chất lượng sản phẩm vật nuôi. Để gia súc luôn khỏe mạnh khi nuôi tập trung, công tác xử lý môi trường trong chăn nuôi rất quan trọng.

Trước hết, vị trí xây dựng chuồng trại phải hợp lý, ấm vào mùa đông, mát về mùa hè. Với trang trại lớn, khoảng cách giữa các dãy chuồng từ 5 - 7m, với hộ chăn nuôi quy mô nhỏ, nên chia vách ngăn để tiện chăm sóc. Về mật độ, đối với đại gia súc, mật độ từ 3 - 5 m2/con, tiểu gia súc từ 0,5 - 2 m2/con. Với gia cầm 9 - 10 con/m2 đối với gà thịt và 4 - 5 con/m2 đối với gà giống.

Nếu chăn nuôi quy mô lớn và theo phương thức công nghiệp, chủ trang trại nên xây hầm Biogas để xử lý chất thải và tận dụng được nguồn chất đốt sử dụng cho sinh hoạt.

Nếu là hộ gia đình chăn nuôi quy mô nhỏ, lẻ, trong quá trình quy hoạch chuồng nuôi, cần chú ý: Xây chuồng nuôi phải xây kèm bể chứa chất thải lỏng và ủ phân. Nền chuồng nuôi và hố xử lý chất thải được láng xi măng để vừa tiện dọn vệ sinh, vừa tạo được độ yếm khí cho hố ủ, giúp phân chóng hoai mục. Thường xuyên thu gom phân rác tập trung về hố, dùng vôi bột trộn lẫn với đất bột, phân lân, lá phân xanh hoặc trấu ủ hoai mục trước khi sử dụng bón cho cây trồng. Chất thải lỏng trước khi dẫn ra ao nuôi cá hoặc tưới cho cây trồng phải được xử lý tại bể chứa bằng vôi bột hoặc các chất hóa học sát trùng, hoặc xử lý bằng cách xây dựng hệ thống bể lắng lọc có trồng cỏ thủy sinh và bèo tây.

Định kỳ hàng tuần, tổng vệ sinh chuồng trại và khu vực chăn nuôi 1 lần, thu gom rác về nơi quy định để đốt phun khử trùng để loại trừ mầm bệnh cư trú hoặc tiềm ẩn trong môi trường.